没有规矩，不成方圆，在任何处所都得讲个规矩。戎行里面更是如斯，明太祖朱元璋树立明代后，对于戎行管理，开始下起了一番苦功。明代以武力平定天下，不可防止的，会出现武将仗着功勋最大，飞扬专横的情况。而且，除了了少数人，大部份武将都不会自我束缚。
最典型的例子，就是开国将军蓝玉。他在自己家里不少庄奴，还认了不少干儿子，培植自己的私人权势，做了不少违反的事情。由于强占民田，御史去责问时，蓝玉直接把御史逐出。
这类事情的产生，对于朱元璋来讲，就是一声警钟。他必需设立一套轨制，可以用来管理戎行，束缚武将的行动。在刘伯温的帮助下，朱元璋把全国的戎行整编为卫所，从京城到处所，都设立卫所。
卫所中，兵士履行屯田自养的政策，从而为国家节省军费开支。在兵力配置上，朱元璋在京城地区，驻扎了六十万，其余地区别别驻扎一百五十万。也就是说，当时的兵力着重京师。
为了避免军权过分集中在某位大臣手中，朱元璋又废止过去设立的大都督府，改设五军都督府。不过，五军都督府并无掌握所有兵权。它们主要掌握军籍、训练和军政。
至于军官的任免、升迁、军令调动等，则交给兵部负责。所以，明代初年有一句话，叫做“兵部有出兵之令，而无统兵之权，五军有统兵之权，而无出兵之令。”
不过，兵部并无权责过问五军都督府的事务。否则，视为违制。也就是说，在明代早期，当时整个国家的最高军事指挥官是五军都督府最高主座左、右都督，以及兵部尚书。
在明代初年那种崇尚武力的氛围中，五军都督府的最高主座左、右都督，级别都高于兵部尚书。左、右都督的官阶都为正一品，兵部尚书为正二品。
跟兵部以科举选中的人材不同，五军都督府的人选，都是那些元勋宿将。这个做法，有益有弊。元勋宿将大多亲自介入战争，对战争确定更加熟识。然而弊病也很显明，就是后继乏人。
不过，在朱元璋后期，明代兵权曾短暂过渡到各地藩王手中。然而，在建文帝朱允炆登基后，又着手削藩，打压武将地位，提高六部尚书的品级。
到了永乐皇帝时期，五军都督府尽管地位很高，但实权已经开始归到兵部手里。五军都督府的不少职权都被不断裁撤，而兵部的权利是在不断上升的。
兵部掌握的职权，包含皇帝、皇后、皇太后出行时车驾排列，礼仪排场，以及宫庭守卫。京城戎行的操练，以及其他大小军政，都归兵部掌管。
不过，在永乐皇帝时期，五军都督府，仍然极有份量。真正让五军都督府开始衰败的，还是明代中期，正统年间产生的土木堡之战。公元1449年，住在北京的正统皇帝朱祁镇接到蒙古瓦剌率军入侵的音讯。于是，在宦官的鼓动下，抉择亲征蒙古。
为了打赢这场战争，皇帝把几近把最佳的家底都搬空了。除了了各样武器，还有那些元勋宿将，文武大臣。由于笨拙的指挥，明代戎行行军至土木堡时，被蒙古戎行击败。不少大臣在这场战斗中阵亡。
这些人中，有一些是亲自参加战争，凭着本身战功得到官爵的。乃至还有朱棣时期的名将，如英国公张辅。也有元勋宿将的昆裔，如平乡伯陈怀。这些人都是五军都督府的支柱气力，他们的逝世，对于五军都督府的气力，无疑是一个巨大的打击。
而在土木堡之变后，兵部尚书于谦开始统率京城防务，抵抗蒙古戎行入侵。此时，于谦掌管的兵权，不但是兵部，包含五军都督府的兵权，也被囊括在内。
于谦逝世后，兵部的权利，仍然没有降落，反而地位开始愈加重要。在过去，五军都督府还有掌管武将选拔选任，戎行操练的职权。到了明代中后期开始，各地都司卫所呈送给朝廷的奏报，都是直接跳过五军都督府。
至于操练戎行，也不归五军都督府管辖。由于这些权利，都交给巡抚，以及下层军官负责。五军都督府实际被架空了。而这些人也不向五军都督府负责，而是向总督，或者朝廷兵部汇报。所以，到明代中后期，朝廷实际的最高军事机构，已经成为了兵部掌管，而不是五军都督府了。
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