抖音小店的保证金制度是为了确保商家遵循平台规则，保证商品和服务质量的一种措施。根据不同的经营类目，商家需要缴纳的基础保证金数额也不同，而浮动保证金则根据店铺近30日的在线支付订单的销售情况变化。
如果商家的小店出现了违规行为，如禁售商品、售假、服务不到位等，抖音是有可能会扣除保证金的。例如，销售违禁品或假货被发现后，可能会导致保证金的全部扣除，并关闭抖音小店权限；而如果在承诺的发货时间内未及时发货，或是未能妥善处理消费者的售后问题，也可能会扣除一定数额的保证金。
值得注意的是，抖音小店保证金并非一经扣除就无法恢复。如果商家认为平台的扣除不合理，可以通过联系抖音客服并提交相关证据来进行申诉。申诉成功后，被扣除的保证金有可能得到返还。而在日常经营中，商家应密切关注抖音平台的政策更新，了解各类商品的经营规范，避免因为不熟悉规则而导致的违规行为。
此外，商家还应定期查看自己的保证金余额，确保有足够的保证金来维持店铺的正常运营。如果出现保证金不足的情况，商家应及时补缴，以免影响小店功能的正常使用，例如自主提现功能的限制和货到付款通道的关闭。
综上所述，虽然抖音小店的保证金有可能会因为违规行为而被扣除，但商家可以通过合理的方式维护自己的权益，如申诉不合理的扣除和及时补缴保证金来保持店铺的正常运营。同时，通过遵守平台规则和及时了解政策更新，可以有效避免不必要的经济损失。
