《三体》作为一部深受读者喜爱的科幻巨著，其中蕴含了许多深奥且引人入胜的问题。以下这12个关于《三体》的灵魂拷问，或许只有那些深入研读原著的忠实粉丝才能给出正确的答案。
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在故事开始之前，汪淼为何频繁造访申玉菲的家，这与科学边界又有何联系？尽管汪淼并非科学边界的成员，但他被常伟思选中潜入该组织。申玉菲家中时常举行科学边界的聚会，然而汪淼并未参与其中，而是前往二楼的申玉菲房间，期间还曾经过魏成的房间，目睹了一台小型计算机。
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汪淼和申玉菲，究竟是谁佩戴眼镜？汪淼并不戴眼镜，而申玉菲则是眼镜的忠实拥趸（象征着知识女性的形象，与叶文洁相似）。汪淼曾戴过墨镜和3K眼镜，表明他本身并不需要眼镜。相反，申玉菲在汪淼面前脱下感应服后立刻戴上眼镜，此外魏成也曾描述申玉菲在寺庙中戴着一副“大眼镜”。
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潘寒在公众眼中是怎样的形象？他为何如此热衷于环保主义？生物学家潘寒既是预言家，又是中华田园事业的经营者。他本可以风度翩翩，却故意将自己装扮成邋遢的流浪汉。他对环保主义的执着不仅体现了他的反科学态度，甚至还使他走上了恐怖主义的道路。
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叶文洁在为孩子们准备食物时，为何要让洋洋、楠楠和咪咪吃不同的东西？这三个孩子分别代表了幸存派、拯救派和降临派，他们所吃的不同食物预示着地球三体组织的分裂。
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史强为何坚信“有人在捣鬼”，这里的“鬼”指的是什么？史强所说的“捣鬼”主要是指反科学活动，其中包括文化反科学以及爆炸、暗杀等恐怖主义行为。
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申玉菲用枪指着魏成时所说的“拯救人类功绩的成倍”，究竟是什么意思？作为拯救派的申玉菲认为，通过拯救三体和人类，可以实现功绩的倍增。原著在第17章和第30章中对拯救派的立场进行了简要阐述，而申玉菲的观点则更为直接。
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潘寒在聚会上提出的对阿兹特克文明的态度具有怎样的里程碑意义？对阿兹特克文明的态度是全书中首次明确揭示外来文明干预的情况。尽管此时潘寒尚未提及降临派消灭人类的真实计划，但这仍是全书中一个前所未有的重要时刻。
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叶文洁为何默许潘寒去杀害魏成？潘寒声称杀害魏成是经过全体会议批准的，伊文斯表示同意，叶文洁则保持沉默。叶文洁希望消除派系间的矛盾，但如果魏成真的解决了三体问题，那么ETO将面临一个艰难的选择：既然三体问题有解，三体是否还需要来到地球？这个问题可能导致组织的分裂，这是叶文洁所不愿看到的。
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在ETO内部，哪些信息是不透明的？ETO的核心信息只有降临派的高层才知道。在第22章中提到，降临派的纲领是毁灭人类，而非改造人类。有些ETO成员（如汪淼）甚至不知道“三体舰队已经奔向地球”的事实。
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叶文洁与伊文斯之间的本质矛盾是什么？“阻断与主的通信”是叶文洁和伊文斯之间最大的分歧，也是他们最根本的矛盾。为此，叶文洁建立了第三红岸基地，但却未能接收到来自三体的信号（因为三体已经改变了通信方式）。
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三体星际舰队以何种速度航行？它们将在多久后到达地球？三体舰队的最高速度为光速的十分之一，预计将在四百多年后抵达地球——这一信息在原著第31章中明确提到。因此，三体对人类的影响主要不在于当下。
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在审判日号被死亡之琴切割之前，为何其天线已被拆除？审判日号的天线原本用于第二红岸基地与三体的通信，但随着三体改变通信方式（使用智子），这些天线已变得无用武之地。
